Almalaguês remonta a sua existência ao ano de 1088 e o seu nome adveio-lhe possivelmente de Zoleiman Almalaki, um nobre muçulmano que possuía estas terras e Vila Tendiga no ano de 1088.
 
Deve remontar portanto aos inícios da reconquista e repovoamento a sul do Mondego.
 
Contudo, só aparece documentado a partir do séc. XV juntamente com Cernache, pelo infante regente D. Pedro a Guilherme Arnault.
 
Outros defendem que a origem do topónimo reside no facto da aldeia, como sendo de origem árabe, provém da palavra "Al", artigo árabe que significa "os", e "malaguês", que significa "colonos de Málaga".
 
À semelhança das aldeias Árabes, apresenta uma rua principal, mais ao menos a meio do povoado, e uma outra lateral, que partindo desta a vai encontrar noutro ponto a que chamam corredoura. Ainda hoje se mantém esta denominação.
 
Apesar da sua origem árabe, sabe-se que por ali passaram e habitaram outros povos - Celtas e Romanos - verificadas estas influências e vestígios, no castelo de Torre de Bera, séc. XII, que é uma fortificação celta, e ainda na denominação de Castro da Senhora da Alegria, na povoação com o mesmo nome, onde se sabe ter existido um castro romano, hoje já desaparecido.
 
Existem em Almalaguês, três zonas historicamente distintas com características e costumes bem diferenciados, que correspondem à passagem por ali de colonos Celtas, Árabes e Romanos.
 
Assim, uma zona tipicamente Celta, que se denomina região de Bera, na parte Nordeste; uma região central árabe abrangendo a sede de freguesia - Almalaguês; e outra que se estende de Este a Sul, com características Romanas.